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特克斯县基本属于山区，降水充沛,水系发达,水资源十分丰富。主要河流有特克斯河和库克苏河，全县年径流量59.904亿立方，其中特克斯河32.32亿立方。库克苏河22.211亿立方，县内小河流5.373亿立方。全县水量占全疆的1/6，占伊犁地区水量的1/3。
特克斯河发源于哈萨克斯坦境内，天山最高峰汗腾格里峰，沿途由多条支流汇集而成。正常流量180立方米/秒，年径流量约60亿立方，由昭苏入境，入境流量102.49立方/秒，年径流量32.32亿立方，该河自西向东横贯全县，在本县境内延伸100公里，落差500米。该河最大流量818立方米/秒，最小流量34.6立方米/秒。库克苏河与特克斯河汇口以东纵坡1/233，汇口以西纵坡1/180，具备良好的引水发电条件。该河在本县浇灌15.22万亩农田。库克苏河自南而北把县境南部均匀地切割为东西两大块，为特克斯河的主要支流之一，也是县内的一条主要大河，发源于和静县天山冰峰，沿途由多条支流汇集而成,由东向西然后向北注入特克斯河。境内积水面积4554平方公里，占全县总面积的57%，年径流量22.211亿立方，占全县水量的39%，境内长度152公里，正常流量为70立方/秒，量大流量188.4立方/秒，最小流量14.9立方/秒，境内纵坡1/125林线以下总落差为300米，具备良好的引水发电条件（现已完成库克苏电站一期工程，装机容量为2*1600千瓦）特克斯河水能资源极为丰富，流域理论蕴藏量总计为792万千瓦。
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